Realizar atividades de gestão e de execução de contratos, convênios e acordos de parceria celebrados com entidades públicas e privadas, ligadas direta ou indiretamente a instituições de ciência e tecnologia, de forma ágil, eficiente e transparente, com o objetivo de fomentar a pesquisa, aplicar o conhecimento adquirido e apoiar a captação de recursos, contribuindo, assim, para o desenvolvimento científico e tecnológico do país e firmando-se como uma fundação de apoio capaz de agregar parceiros pela sua organização estrutural e funcional, pela credibilidade e excelência administrativa .

Apoiar a pesquisa, o ensino e a extensão, bem como a promoção do conhecimento, com base na cooperação técnica, científica e administrativa com instituições de ciência e tecnologia, com a finalidade de executar contratos, convênios e acordos de cooperação e de desenvolver projetos e serviços técnicos ou de consultoria.

Aplicar o conhecimento adquirido ou desenvolvido com as instituições parceiras em assuntos temáticos tais como: Cartografia, Meio Ambiente, Transportes, Comunicação, Energia, Defesa e Planejamento Urbano e Regional. 

Acompanhar os coordenadores na elaboração de projetos, junto a organizações públicas e privadas, de acordo com a legislação vigente.

Garantir a continuidade do processo de inovação em pesquisa, através do apoio no gerenciamento de projetos e na captação de recursos.

Desenvolver atividades com outras entidades, desde que compatíveis com os objetivos da FUNCATE, expressos em seu plano institucional.

Desenvolver, de acordo com a disponibilidade financeira da FUNCATE, Programas de Bolsas de Apoio no atendimento aos objetivos estatutários.

Possibilitar a transformação de descobertas científicas e tecnológicas das instituições de ciência e tecnologia em processos e produtos que possam reverter em benefícios para a sociedade.

Para cumprir e concretizar sua missão, a FUNCATE norteia-se pelos seguintes valores:

Eficiência

A busca pela eficiência está presente em todas as ações desenvolvidas.

Integridade

Respeito aos aspectos legais deve ser a característica identificadora da administração e do gerenciamento dos recursos.

Colaboração

A atuação é voltada para o trabalho em equipe, marcado pelo companheirismo, pelo respeito mútuo e pela confiança.

Inovação

A busca de novas idéias para a melhoria do desempenho norteia a prática da equipe.

Postura

A conduta é pautada pela ética e pelo relacionamento profissional, cordial e participativo.